Nei primi anni del XIX secolo la Compagnia conosce un lento declino. Alla crisi contribuiscono anche le truppe napoleoniche che, entrate in Roma nel 1809 le tolgono l'amministrazione dell patrimonio. Il Governo Francese vende poi al Conte Giuseppe Archinto lo stabile tra Via di Pietra e Piazza Colonna.
I bergamaschi fanno causa per riavere i loro beni, ma la loro istanza viene rigettata. La gestione dei beni ormai lascia a desiderare e la situazione amministrativa e contabile appare disastrosa.
Le cose migliorano decisamente con il Cardinale Fabio Asquini il quale, nominato protettore nel 1847, fatica per ripristinare l'ordine e la disciplina.
Due fatti, alla fine del secolo movimentano le vicende dell'Arciconfraternita.
Il primo è una vertenza al Tribunale civile di Roma tra i Guardiani del Sodalizio, oggi chiamati "Consiglieri", e il Vescovo di Bergamo in merito al "Nobile Collegio Cerasoli".
I primi tentano infatti di trasformare il Collegio in una sorta di borsa di studio per i figli dei Confratelli.La Corte di Cassazione dà ragione al Vescovo. Il secondo fatto è la riforma, per nulla indolore, dello Statuto, che era rimasto immutato dal XVI secolo.
Nel corso dell'impresa si contrappongono i "tradizionalisti", decisi a mantenere le caratteristiche di associazione di culto e i "riformatori", che desiderano invece dare al Sodalizio la fisionomia di ente di beneficenza.
Si arriva così al nuovo statuto approvato il 30 maggio del 1915 con il quale l'Arciconfraternita assume il volto di una società di mutua assistenza e beneficenza, oltre che di ente volto a tener vivo nei propri membri l'affetto per la terra d'origine.